הוועדות הן הרשות המבצעת של בית-הספר – המסגרות היוזמות פעילויות בהתאם לתחום אחריותן, ו״מפעילות״ את בית-הספר לצורך מימושן. הוועדות מתכנסות אחת לשבוע ב״שעת וועדות״ (יום שלישי בשעה השלישית). בכל וועדה חברות וחברים תלמידות ותלמידים מכל חטיבות ביה״ס, והן מונחות על ידי 2 אנשי צוות (או יותר). בין הוועדות: וועדת אירועים, אסתטיקה, פרלמנט, זכויות וחובות (וז״ח, להלן פירוט), ביקורת, פינת-חי, קשרי-קהילה, תקציב, קיימות.
בנוסף לוועדות אלה, המובלות על ידי צוות וילדים, ישנן ארבע וועדות נוספות, הנפגשות בשעות-הערב, על מנת לאפשר גם להורים לקחת בהן חלק מרכזי, על רקע חשיבותן לתהליכי העבודה בבית-הספר. וועדות אלה הינן:
וועדת צוות
המסייעת למנהלי בית-הספר בגיוס צוות לבית-הספר (כל איש.ת צוות המועמד.ת לבית-הספר עובר.ת תהליך מועמדות בהשתתפות הורים, צוות וילדים) והיבטי כח-אדם.
וועדת חינוך
וועדה העוסקת בסוגיות פדגוגיות של בית-הספר, בדגש על הגדרת יעדים לשנה״ל קדימה, הגדרת זהותו החינוכית של בית-הספר ועוד.
וועדת תכנון
וועדה אסטרטגית, המתרגמת את החלטות הפרלמנט, מדיניות המנהלים ויעדי וועדת חינוך לתהליכי עבודה משנת-לימודים אחת למשנה.
וועדת כספים
המלווה את ההיבטים הפיננסיים של בית-הספר, כולל תקציבי משרד-החינוך ותקציבי העמותה, ומקצה תקציב לוועדת תקציב, המנוהלת על ידי תלמידים.